Χάρη στον διακανονισμό που έγινε με την βοήθεια του Πελοπίδα, ο ανήλικος Περδίκκας Γ΄ έγινε βασιλιάς με επίτροπο τον ισχυρό Μακεδόνα Πτολεμαίο από την Άλωρο που ήταν σύζυγος της αδερφής του, αλλά και αρχηγός της ομάδας των αντιφρονούντων που είχε σκοτώσει τον αδερφό του.

Την ίδια εποχή έρχεται στο βασίλειο ο φιλόσοφος Ευφραίος για να γίνει δάσκαλος και μέντορας του έφηβου βασιλιά που μυείται στην πλατωνική διδασκαλία και γίνεται ένθερμος θιασώτης της.Μάλιστα λέγεται ότι απαγορευόταν η είσοδος στα βασιλικά συμπόσια σε όσους δεν γνώριζαν τις βασικές αρχές της γεωμετρίας και της φιλοσοφίας.

Το παράγγελμα «ἀγεωμέτρητος μηδεὶς εἰσίτω» που ήταν γραμμένο στην είσοδο της Ακαδημίας του Πλάτωνα καθόριζε πια το ήθος της Μακεδονικής αυλής, δηλώνοντας την εξοικείωση του Τημενίδη και των εταίρων του με την ιερή γεωμετρία που αποτελεί τον συνεκτικό ιστό του Σύμπαντος, όπως διδάσκει ο Πλάτων στον «Τίμαιο».

Την Άνοιξη του 365 π.Χ. οι Μακεδόνες αναλαμβάνουν να προμηθεύσουν τους Θηβαίους με την ξυλεία που ήταν απαραίτητη για τον στόλο που σχεδίαζε να δημιουργήσει ο Επαμεινώνδας.

Το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς ο Αλωρίτης πεθαίνει, ίσως εκτελείται κατ’ εντολήν του Περδίκκα που έχει πια ενηλικιωθεί και αναλαμβάνει πλήρως την βασιλική εξουσία.

Ο Φίλιππος επιστρέφει από την Θήβα και, ακολουθώντας την συμβουλή του Ευφραίου, ο βασιλιάς του παραχωρεί κτήσεις στα ανατολικά του Αξιού.

Το τέλος του Αλωρίτη σήμανε ουσιαστικά και το τέλος της φιλοθηβαϊκής πολιτικής του βασιλείου και ο Περδίκκας επιστρέφει στην συμμαχία με την Αθήνα που είχε υποστηρίξει την Ευρυδίκη.

Στόχος των Αθηναίων ήταν η ανάκτηση της αυτόνομης πια Αμφίπολης και η επέκταση της κυριαρχίας τους στις πόλεις. Η συμμαχία μαζί τους υποσχόταν στον Περδίκκα εμπορικά οφέλη από την χρήση των λιμανιών και την διαχείριση της ναυπηγήσιμης ξυλείας.

ΟΙ Αθηναίοι με την υποστήριξη και του Περδίκκα είχαν σημαντικές επιτυχίες. Κατέλαβαν την Ποτίδαια και πολλές πόλεις της Χαλκιδικής γύρω από αυτήν και στα παράλια του Θερμαϊκού.

Αυτό ανησύχησε τον Μακεδόνα που διέγνωσε την απειλή για το βασίλειο του και το 363/62 π.Χ. εγκαταλείπει την συνθήκη με τους Αθηναίους και εμφανίζεται να υποστηρίζει τους Χαλκιδείς. Ενδεικτική είναι η συνθήκη που αφορά στην Δικαία μια μικρή πόλη στην ανατολική ακτή του Θερμαϊκού όπου ο Περδίκκας εμφανίζεται ως εγγυητής.

Το 362/61 π.Χ. ο Περδίκκας υποστηρίζει την Αμφίπολη εναντίον της Αθήνας, στέλνοντας μακεδονική φρουρά με αρχηγό πιθανότατα τον ίδιο τον αδερφό του, τον Φίλιππο.

Οι Αθηναίοι δεν καταφέρνουν να καταλάβουν την Αμφίπολη, αλλά καταλαμβάνουν μετά από έναν χρόνο την Πύδνα και την Μεθώνη, αποστερώντας από το βασίλειο την ζωτική έξοδο προς την θάλασσα και απειλώντας την ίδια την καρδιά του, το ιερό Δίον και την βασιλική μητρόπολη των Αιγών.

Οι δυσκολίες του βασιλείου αποτυπώνονται στην νομισματοκοπία του.Ο Περδίκκας Γ΄κόβει κυρίως χάλκινα νομίσματα, χαμηλής αξίας, γεγονός που δηλώνει την έλλειψη πολύτιμων μετάλλων που οφείλονταν στην αδυναμία πρόσβασης στα ορυχεία τα οποία δεν ανήκαν πια στο μακεδονικό κράτος.

Ωστόσο παρά την αδυναμία του το Μακεδονικό βασίλειο είναι πια αναγνωρισμένο από όλους ως αναπόσπαστο τμήμα του ελληνικού κόσμου, όπως αποδεικνύει η επιγραφή των Θεοροδόκων της Επιδαύρου που την Άνοιξη -Καλοκαίρι του 360 π.Χ. ταξιδεύουν στην Ελλάδα και καλούν τις πόλεις, αλλά και τον Περδίκκα Γ΄ ως εκπρόσωπο του βασιλείου, να συμμετάσχουν στις γιορτές της πόλης τους.

Ο Περδίκκας δεν θα καταφέρει ποτέ να φτάσει στην Επίδαυρο. Οι Ιλλυριοί που δεν σταμάτησαν ποτέ να παρενοχλούν το βασίλειο εισβάλουν και πάλι. Ο βασιλιάς με τον στρατό του σπεύδει να τους αντιμετωπίσει. Το τέλος του καλοκαιριού του 360 π.Χ. θα βρει να κείτονται νεκροί στο πεδίο της μάχης ο Περδίκκας και 4.000 Μακεδόνες, το άνθος του ιππικού των εταίρων.

Πίσω στην βασιλική καθέδρα η βασίλισσα μητέρα Ευρυδίκη υπάρχει ακόμη και προστατεύει τον γιο του βασιλιά τον Αμύντα, ένα παιδάκι που δεν μπορεί να είναι παραπάνω από 6-7 χρονών, όμως τα βασίλειο είναι στα πρόθυρα της κατάρρευσης.