Ο Αλέξανδρος στην πορεία του προς τη Βαβυλώνα περνώντας και από την έρημο της Γεδρωσίας επεδίωξε να ισχυροποιήσει τη μακρόχρονη απουσία του από τα κράτη τα οποία πέρασαν στην εδαφική του δικαιοδοσία με το να αποκαταστήσει την τάξη στην ασύστολη αυθαιρεσία και στις υπερβασίες των σατραπών του.

Συγκεκριμένα η δράση του δεν περιορίστηκε σε νουθεσίες και διδαχές αλλά θέλησε να τιμωρήσει τις τυχόν αυθαιρεσίες οι οποίες έθεταν σε κίνδυνο την ακεραιότητα του κράτους του.

Διέταξε λοιπόν να εκτελεσθούν ο Κλέανδρος, ο Σιτάλκης στρατηγοί στη Μηδία αλλά και ο Ηράκων καθώς είχαν κατηγορηθεί πως είχαν βεβηλώσει τάφους και ιερά. Η τιμωρία ως παραδειγματισμός έγινε και στο πρόσωπο του Ορξίνη ο οποίος είχε πάρει τη θέση του σατράπη της χώρας μετά το θάνατό του χωρίς νόμιμες διαδικασίες.

Η ιεροσυλία, η αυθαίρετη κατάχρηση της εξουσίας οδήγησε σε παραδειγματικό θάνατο πολλούς από τους σατράπες όπως ο σατράπης της Σουσιανής, Αβουλίτης . Η αποκατάσταση της τάξης θεωρείτο ως άμεση ανάγκη επίλυσης των διαφόρων εξεγέρσεων Ελλήνων μισθοφόρων ενώ η πολιτική αυτή που ακολούθησε ο Αλέξανδρος με κίνητρο την καταστολή διαφόρων κινημάτων δίχασε την επιστημονική κοινότητα νεώτερων μελετητών και ιστορικών αποκαλώντας την πολιτική του ως «προσπάθεια τρομοκρατίας» ή ως προσπάθεια ακεραιότητας και διατήρησης της ασφάλειας ενός αχανούς κράτους;

Η φυγή του βασιλικού διαχειριστή των οικονομικών του κράτους του Μ. Αλεξάνδρου, του Άρπαλου, φοβούμενος την σύλληψη και τιμωρία του από τον Αλέξανδρο για τις αυθαιρεσίες και οικονομικές ατασθαλίες του, τάραξε την εσωτερική ακεραιότητα στην ελληνική ενδοχώρα ενώ έστρεψε και τους Αθηναίους ενάντια στον Μακεδόνα βασιλιά επιφέροντας αταξία στην πολιτική της χώρας.

Μέσα σε αυτή την πολιτική αναστάτωση αλλά και τις ανεξέλεγκτες προεκτάσεις της αναταραχής στο κράτος του Αλέξανδρου , ο Μακεδόνας βασιλιάς θέλοντας να δώσει την ταυτότητα της οικουμενικότητας του κράτους του επισφραγίζει την επιθυμία του αυτή τελώντας γιορτή για την ολοκλήρωση της κατάκτησης του περσικού κράτους και την επιτυχία της εκστρατείας στην Ινδική. Στο πλαίσιο της γιορτής τελούνται και ομαδικοί γάμοι μεταξύ των Μακεδόνων με Περσίδες όπου ο Αλέξανδρος τηρεί με ευλάβεια τα περσικά έθιμα, προσφέροντας προίκες στις γυναίκες, δώρα και ιδιαίτερες τιμές και εξοφλώντας τα χρέη των στρατιωτών του.

Ο πόθος του για τη συνέχεια της εκστρατείας του, για την εξερεύνηση άγνωστων χωρών, το ασίγαστο και ζοφερό του πάθος να γνωρίσει ξανά από κοντά τον περσικό κόλπο και τις ακτές του ,τον οδήγησε το 324 π.Χ. στον Τίγρη και τον Ευφράτη ως το σημείο που στρατοπέδευε ο Ηφαιστίωνας και έπειτα πήγε στην Ώπι.

Εκεί λοιπόν ανήγγειλε πως όσοι δεν είναι σε θέση να πολεμήσουν πια είναι καλό να επιστρέψουν στην πατρίδα και στις οικογένειές τους ενώ όσοι δε συμμετείχαν στην εκστρατεία είναι τιμή τους να λάβουν μέρος. Ο οικουμενικός τρόπος σκέψης του Αλέξανδρου θορύβησε μια μερίδα των στρατιωτών οι οποίοι είχαν ενοχληθεί με το πάντρεμα αλλοεθνών και άλλων θρησκειών με τη δική τους γεγονός το οποίο τους οδήγησε σε έντονη διαμαρτυρία. Ο ίδιος όμως επικαλέστηκε το όνομα και τη δράση του πατέρα του, του Φιλίππου ο οποίος τους οδήγησε στην ηγεμονία και στη βασιλεία ενώ ήταν περιπλανώμενοι βοσκοί.

Η απόφασή του όμως να εντάξει Πέρσες στο στράτευμά του δε βρήκε σύμφωνους πολλούς συμπολεμιστές του Μακεδόνες οι οποίοι πέταξαν τα όπλα ως δείγμα ικεσίας μπροστά στα ανάκτορα.

Ο Αλέξανδρος ήταν έτοιμος να συνεχίσει τις στρατιωτικές του επιχειρήσεις ορίζοντας τον Αντίπατρο στρατηγό στην εκστρατεία του στην Ασία.

Το 324 π.Χ. συνεχίζει την πορεία του στα Εκβάτανα και κατά τη διάρκεια μουσικών και δραματικών αγώνων ανακοινώνεται ο αιφνίδιος θάνατος του Ηφαιστίωνα και όπως αναφέρει ο Πλούταρχος « έσπασε η καρδιά του Αλέξανδρου και σκοτείνιασε ο νους του». Ήταν αδύνατο να συλλάβει το δράμα που βίωνε για το χαμό του παιδικού του φίλου στη μνήμη του οποίου κατασκεύασε ένα μεγαλόπρεπο μνημείο στον τύπο των ζιγκουράτ της Μεσοποταμίας, δύο ηρώα στην Αλεξάνδρεια και συνέχισε τις μάχες του. Υπέταξε τους Κοσσαίους και συνέχισε απτόητος προς τη Βαβυλώνα.