Ο Αλέξανδρος διαχειμάζει στα Βάκτρα και χρησιμοποιεί τον χρόνο της ανάπαυλας των επιχειρήσεων για να ανασυντάξει τις δυνάμεις του. Συναντά και ενημερώνεται από τους διοικητές των κατακτημένων περιοχών, τους Μακεδόνες στρατηγούς που επιστρέφουν από διάφορες αποστολές και υποδέχεται τις ενισχύσεις που έρχονται από την Ελλάδα.

Το θέμα της δολοφονίας του Δαρείου είναι ακόμη ανοιχτό. Ως νόμιμος διάδοχος του ο βασιλιάς συγκαλεί συμβούλιο για την τιμωρία του προδότη Βήσσου. Το συμβούλιο αποφασίζει την ενοχή του και συμφωνα με τον Περσικό νόμο, αφού βασανιστεί ο Βήσσος μετάγεται στα Εκβάτανα για να εκτελεστεί από τους Πέρσες.

Αποσταλμένοι των Σκυθών έρχονται στην αυλή του Αλέξανδρου για να ανανεώσουν τους όρκους ειρήνης. Του προσφέρουν ως σύζυγο την κόρη του βασιλιά τους και τον καλούν σε κοινή εκστρατεία στην Κολχίδα. Εκείνος όμως έχει άλλα σχέδια και αρνείται διπλωματικά τις προτάσεις τους.

Στα Βάκτρα, ο Αλέξανδρος μαζεύει πληροφορίες και στοιχεία και σχεδιάζει προσεκτικά το επόμενο βήμα.

Στόχος του είναι να υποτάξει την χώρα των Ινδών και να γίνει κυρίαρχος όλης της Ασίας.

Πρώτα όμως πρέπει να ολοκληρωθεί η υποταγή των ατίθασων και φιλοπόλεμων φύλων της περιοχής και να ενσωματωθεί η Σογδιανή στην αυτοκρατορία.

Έναν ολόκληρο χρόνο οι Μακεδόνες μάχονται με τους ντόπιους επαναστάτες, ενώ οι φυλές των Σκυθών τους επιτίθενται από παντού σε δύσβατες και άγνωστες περιοχές.

O Σπιταμένης, ο σατράπης της Σογδιανής που είχε συμμαχήσει με τον Βήσσο για να μοιράσουν την αυτοκρατορία των Αχαιμενιδών αποδεικνύεται μετά τον Μέμνωνα από την Ρόδο ένας από τους πιο δύσκολους και επίμονους αντιπάλους του Αλέξανδρου.

Την άνοιξη, μετά τις βροχές που κάνουν τις στέπες τεράστιες εκτάσεις λάσπης, ξεκινούν προς την Σογδιανή.

Όταν έστησαν το στρατόπεδο δίπλα στον Ωξο δίπλα από την βασιλική σκηνή αρχισαν να αναβρύζουν ξαφνικά δυο πηγές, μια με νερό και μια με πετρέλαιο που οι Έλληνες πέρασαν για λάδι.

Ο μάντης Αρίσταρχος ερμήνευσε το γεγονός ως σημάδι ότι θα χρειαστεί να κοπιάσουν αλλά στο τέλος θα νικήσουν.

Ο στρατός χωρίστηκε σε έξι τμήματα, Δυο έμειναν να φυλάγουν την Βακτρία, τρία πέρασαν τον Ώξο για τις πολεμικές επιχειρήσεις και ένα κατευθύνθηκε στην όαση της Μαργιανής.

Ο Κρατερός είχε την εντολή να ιδρύσει εδώ μια πόλη και να δημιουργησει οχυρά στα σημαντικότερα σημεία της όασης. Η Αλεξάνδρεια Μαργιανή μια πόλη Ελληνίς, θα γίνει το νέο εμπορικό κέντρο της περιοχής που την διασχίζει ο αρχαίος δρόμος των καραβανιών

Στη Σογδιανή ολόκληρο το καλοκαίρι ο υπόλοιπος στρατός αγωνίζεται να ανακαταλάβει ένα προς ένα τα οχυρά των Σογδιανών ενώ ο Σπιταμένης ο ίδιος παραμένει άφαντος.

Τον Αύγουστο οι άντρες που ήταν με τον Αλέξανδρο στις επιχειρήσεις συναντιούνται με τους υπόλοιπους στα Μαράκανδα.

Εκεί ένα βράδυ ο βασιλιάς διασκεδάζει με εταίρους και αξιωματούχος... Το κρασί ρέει άφθονο στο βασιλικό συμπόσιο και λύνει τις γλώσσες...

Ο Κλείτος που, όντας πια μεσόκοπος, ίσως και άρρωστος ή τραυματισμένος και δυσκολευόταν με τον ρυθμό των επιχειρήσεων, πριν λίγο είχε απομακρυνθεί από την θέση του διοικητή του ιππικού των εταίρων και ορίστηκε σατράπης της Βακτριανής, επιτίθεται φραστικά στον ηγεμόνα.

Εξοργισμένος επειδή πίστευε ότι απομακρύνθηκε από την ενεργό δράση, θιγμένος ίσως και από το γεγονός ότι ο βασιλιάς δεν ξεχώριζε τους ξένους από τους δικούς του, ο Μακεδόνας τον κατηγορεί ανοιχτά για την συμπεριφορά του, γιατί φορά τα ρούχα των βαρβάρων, γιατί έμαθε να του αρέσουν οι κολακείες τους....

O Αλέξανδρος οργίζεται, οι σύντροφοι απομακρύνουν τον Κλείτο, αυτός επιστρέφει και επιμένει να προσβάλλει τον βασιλιά...

Η ένταση περισσεύει, ο έλεγχος χάνεται και ο Αλέξανδρος τραυματίζει θανάσιμα τον άνθρωπο που του είχε σώσει την ζωή στην μάχη του Γρανικού...

Μόλις συνειδητοποιεί την πράξη του βυθίζεται σε βαθιά θλίψη, προσπαθεί να αυτοκτονήσει και για τρεις μέρες αρνείται να φάει και να πιει.

Οι εταίροι του θυμίζουν την υπόχρεωση που έχει να προστατεύει τους άντρες που βρίσκονται μακριά από την πατρίδα, αποκομμένοι στα βάθη της Ασίας και χρειάζονται έναν ισχυρό ηγέτη.

Και είναι η φωνή του καθήκοντος που επαναφέρει τον Αλέξανδρο στην πραγματικότητα και τον κάνει να συνεχίσει.

Επείγει η εξουδετέρωση του Σπιταμένη, που παρενοχλεί συνεχώς την Βακτρία οι άντρες της οποίας υπηρετούν πια στις γραμμές του Αλέξανδρου και εξαφανίζεται στην στέπα έχοντας την υποστήριξη των Μασσαγετών, ενός σκυθικού φύλου.

Τελικά το ιππικό του Κρατερού νικά και τρέπει σε φυγή τους Μασσαγέτες και ο Κοίνος εγκλωβίζει τους αντιπάλους στις Γαβές. Οι Μασσαγέτες, όταν μαθαίνουν ότι ο Αλέξανδρος έρχεται εναντίον του τρομοκρατούνται, , σκοτώνουν τον Σπιταμένη και στέλνουν το κεφάλι του ως λάφυρο για να σωθούν οι ίδιοι.

Οι επιχειρήσεις ολοκληρώθηκαν επιτυχώς, το Φθινόπωρο τελείωνει και ο Αλέξανδρος συγκεντρώνει τον στρατό στη Ναύτακα (σημ. Uzunkir, κοντά σε σημ. Shahkrisabz, Ουζμπεκιστάν) και ασχολείται με την οργάνωση του κράτους του.

Μολονότι βρίσκεται χιλιάδες χιλιόμετρα μακριά, ο Αλέξανδρος δεν παραλείπει να κάνει αισθητή την παρουσία του και στην Ελλάδα.

Έτσι ενώ επιχειρούσε στην Σογδιανή, το καλοκαίρι του 328 π.Χ., στέλνει επιστολή και ανακοινώνει με κάθε επισημότητα στους Έλληνες, που ήταν συγκεντρωμένοι στην Ολυμπία για τους αγώνες, ότι ανοικοδομεί τις Πλαταιές για να τιμήσει την προσφορά της πόλης που ήταν το σύμβολο της ΟΜΟΝΟΙΑΣ και του κοινού αγώνα των Ελλήνων για την ελευθερία, αφού εδώ οι ενωμένες δυνάμεις των πόλεων είχαν νικήσει τους Πέρσες το 479 π.Χ. (Πλ. Αλ. 34.1-2).